舒尔哈齐手下精兵强将逾万, 自己又因为战功显著, 颇得民心. 因此,在明廷的官书中, 常常把舒尔哈齐与努尔哈赤并称, 并冠以相同的都督头衔, 称他们为 “都督努尔哈赤”, “都督舒尔哈齐”. 就连近邻朝鲜人也把他们两个分别称作 “老乙可赤 (即努尔哈赤)”和 “小乙可赤 (即舒尔哈齐)”, 或者称 “奴酋”, “小酋”。
兄弟心生嫌隙
舒尔哈齐的锋芒外露, 是努尔哈赤所不能容忍的, 于是他开始冷落, 故意贬低舒尔哈齐. 由于舒尔哈齐实力不断增长, 他越来越不甘心居人之后, 只是碍于兄弟的情谊才强忍欲火。
而努尔哈赤却无端对其削位夺权, 这无疑挑起了舒尔哈齐心中的欲望和怒火. 万历二十四年 (1596年) 元旦, 当努尔哈赤设宴款待明朝使者申忠一后, 舒尔哈齐立即提出他也要设宴接待, 于是有了 “两都督府” 的分别宴请。
宴会结束后,舒尔哈齐向申忠一说: “如果以后你要送礼, 不能忘记我.” 从这开始,同根生的兄弟俩已经出现了嫌隙.
随着女真各部的逐渐统一,明朝政府开始对辽东局势感到不安。辽东总兵李成梁重操旧业,再次实行以往屡试不爽的分化瓦解政策,极力拉拢舒尔哈齐。他先是让自己的儿子李如柏纳舒尔哈齐的女儿为妾,又趁舒尔哈齐妻子病故之机,专程派人携带酒席、牛羊等“超标准”的祭品前往祭悼。万历三十六年(1608),明朝政府赐给建州左卫努尔哈赤敕书357道,但同时又以建州右卫的名义赐给舒尔哈齐敕书140道,个中刻意扶植舒尔哈齐以削弱努尔哈赤的意图昭然若揭。
面对明朝的种种“恩宠”,舒尔哈齐却觉得自己作为建州女真的“二都督”,有理由借明朝政府之力树立领袖的地位。可是,兄与弟之间的差异和努尔哈赤作为旧有势力突破者的特殊身份,决定了现实的残酷。
兄弟爆发冲突
万历三十四年(1606年)十二月,在努尔哈赤已连续几年都没有亲自到京朝贡的情况下,舒尔哈齐第三次代表建州女真入京。当明廷以“建州等卫夷人都督都指挥”的名义向他照例赏赐,他何尝不为那煊赫的头衔而陶醉,进而萌发了拥明自立,借明自立,将一切权利揽入自己手中的想法。这种想法无疑加剧了他们兄弟之间的矛盾,结果导致军事上的各自为政。
万历三十五年(1607年),舒尔哈齐作为统兵主帅与努尔哈赤的长子褚英,次子代善,以及大臣费英东等率兵三万接应东海女真瓦尔喀部蜚优城部众归附。行军途中,舒尔哈齐突然借口军旗发光,不是吉兆,提议班师回朝。各位将领战士都信以为真,士气不佳。由于褚英和代善的努力才稳定军心,继续前行。但当建州兵率领蜚优部民众返回到钟城附近的乌竭岩,突然遭遇乌拉数万兵马的拦截时,舒尔哈齐开始裹足不前。当褚英和代善率领不足敌人四分之一的兵力奋死拼搏时,舒尔哈齐却带领五百人滞留山下,他最信任的两个将领也率领百人在一旁观战。
经过这一役,努尔哈赤以不力战的罪名将那两个将领处死,并不再让舒尔哈齐带兵打仗。被剥夺了军事权利,舒尔哈齐满腔忧怨,不时与努尔哈赤发生口角。舒尔哈齐不服,努尔哈赤不满,他们俩已经完全决裂。努尔哈赤厉声斥道:“你所有的东西都不是父祖遗留的,而是我给你的!”对于大哥过于苛刻的责备,舒尔哈齐心里感到十分愤懑。既然大哥已经不念兄弟之情,自己有何必矮人一等。于是他找来三个儿子,共商大计。他们想到了依靠明朝,于是很快踏上了第四次通往京城的道路。
正当舒尔哈齐以为自己找到靠山时,努尔哈赤突然下令剥夺了他的家产,并杀死舒尔哈齐的两个儿子,又将与此事有关的部将处死。之后,努尔哈赤佯称新宅落成,邀舒尔哈齐赴宴。自知难逃活命的他,仍寄希望大哥能顾念手足之情,对他宽恕。然而,舒尔哈齐刚刚走进新宅的大门,还未来得及向兄长倾诉愧悔之情,就被推入内寝,锁了起来。从此,舒尔哈齐过着暗无天日的牢狱生活,简直虽生犹死。两年之后,即万历三十九年(1611年)八月十九日,舒尔哈齐死在了囚狱中,年仅四十八岁。
在1609年,努尔哈赤是打着舒尔哈赤意欲图谋自立为王这个借口,杀了舒尔哈赤的儿子和一员大将,然后削减了舒尔哈赤的军队,把舒尔哈赤给监禁了起来,一直监禁了两年多的时间,舒尔哈赤才离奇的死去。
在明朝的史书文献记载的舒尔哈赤的一个生性豪迈,个人放荡不羁,并且还是桀骜难驯的人,这样的一个可以和努尔哈赤来分庭抗礼的人,如果不除掉,那即使舒尔哈赤不对努尔哈赤下手,等舒尔哈赤带领部下另起炉灶,那也是分裂了努尔哈赤的势力,对努尔哈赤的影响也是极大的。 对于这种对亲兄弟痛下杀手的人,在历史上也不少见,到底是为了权利争斗,或者是政见的不同,又或者是被明朝的离间之计,已经没有多大的关系了。